(1) Sektor za farmaciju obezbjeđuje primjenu i sprovođenje zakona, drugih propisa i opštih akata, kao i sprovođenje utvrđene politike iz oblasti farmacije, implementaciju preventivnih programa, sudjeluje u izradi zakona i provedbenih propisa iz ove oblasti, te se brine o njihovom provođenju i s tim u vezi obavlja slijedeće upravne i druge stručne poslove.
(2) U Sektoru se vrše poslovi iz djelokruga Ministarstva koji se odnose na: izradu prijedloga i analiza za sprovođenje nacionalne politike u oblasti lijekova i medicinskih sredstava, izradu elaborata analiza i studija u oblasti lijekova i medicinskih sredstava, utvrđivanje Pozitivne, bolničke i magistralne Liste lijekova Kantona Sarajevo, utvrđivanje mjera za racionalnu potrošnju lijekova, praćenje potrošnje lijekova i medicinskih sredstava, propisivanje sadržaja i načina vođenja evidencija, prati stanje u oblasti snabdjevenosti lijekovima i medicinskim sredstvima, osigurava ostvarivanje dopunskih prava RVI-a, iz oblasti zdravstvene zaštite na medicinska sredstvima, prati rad apoteka i specijaliziranih trgovina na malo, vrši ovjeru knjiga evidencije o količini propisanih opojnih droga u zdravstvenim ustanovama sa područja Kantona Sarajevo, radi na uspostavi i jačanju kapaciteta za upravljanjem kvalitetom, učestvuje u drugostepenom upravnom postupku u oblasti lijekova i medicinskih sredstava, brine se o načinu uništavanja farmaceutskog i medicinskog otpada, vrši implementaciju preventivnih programa u cilju ranog otkrivanaja oboljenja radi poboljšanja zdravstvenog stanja stanovništva, prati i poduzima mjere za sprječavanje bolničkih infekcija, prati epidemiološko stanje na području Kantona Sarajevo, nadzire upotrebu otrova u procesu deratizacije, vodi registar apoteka, i učestvovanje u svim oblicima stručne edukacije, obrazovanja i usavršavanja koje se odnosi na propise iz nadležnosti Sektora.
(3) Sektor vrši pripremanje baze podataka za ljudske resurse zdravstvenog sistema, opreme, praćenje indikatora kvaliteta i sigurnosti farmaceutskih usluga i podataka za analizu organizacije i funkcionisanja zdravstvene zaštite, vršenje stručnih poslova koji se odnose na nadležnosti Ministarstva u ovoj oblasti.